Здание было построено для мусульманского благотворительного общества по проекту архитектора Иосифа Плошко на средства миллионера Мусы Нагиева в память его умершем сыне Исмаиле, и было названо в его честь Исмаилия. Здание построено в стиле Венецианской готики. В мире всего два таких здания, первое во Флоренции, а второе в Баку. Три года Плошков жил во Флоренции и изучал секреты строения этого здания. Когда строили это здание, с четырех сторон на нем были высечены айаты из Корана, изречения четвертого халифа - Имама Али: "Человек возвышается и достигает желаемого только своим трудом. С рождения до смерти человек должен учиться. Мусульмане! Ваш век умирает вместе с вами, готовьте своих детей к новому веку!" Эти изречения высек на стенах здания известный каллиграф Мирза Асадулла Хилал.

В 1907 году Нагиев утвердил проект, и началось строительство, которое завершилось в 1913 году.

В подвале здания находился архив выдающихся личностей. Армяне хотели уничтожить этот архив. Поэтому в 1918 году 31 марта они сожгли здание. Уничтожили величественный памятник, воздвигнутый в честь Исмаила. Они не только сожгли здание, но и содрали золотистую надпись «Исмаилия». Здание было восстановлено в 1923 году под руководством архитектора Дубова, но во время реставрации были удалены надписи на фасаде и по бокам. В настоящее время в этом здание размещается  президиум Академии наук Азербайджана.

Здание указом  Кабинета  Министров Азербайджанской Республики от 2 августа 2001 года

сохраняется как ценное историческое сооружение  и культурный памятник.